Основан около 1410 г. Преподобным Евфимием у Никольского устья реки Северной Двины, на месте нынешнего города Северодвинска. С 1764г.—3-классный, мужской, общежительный.

В 1419 г. обитель была разорена шведами, позднее восстановлена на пожертвования новгородской посадницы Марфы Борецкой.

Иван IV пожаловал монастырю многие земли и значительные денежные суммы. Роль монастыря возрастает с августа 1553 г.,когда здесь высадился английский путешественник Ричард Ченслер (Чанселлор), за которым последовали другие иностранные негоцианты. С основанием Архангельска обитель сохраняла еще некоторое время свою роль как «Порт Св.Николая».

В начале XVII в. монастырь подвергся польско-литовскому разорению, но обитель вновь ожила и в дальнейшем окрепла благодаря щедрым вкладам царей Михаила Федоровича и Алексея Михайловича, а также—их бояр, в том числе- Нарышкиных, Курбатовых, Салтыковых,Стрешневых и др. В конце XVII в. шеститесяти инокам обители принадлежало свыше пятисот крестьян, а в 1774 г. численность монастырских крестьян составляла 6214 человек. В 1660-1670-х гг. были возведены каменные храмы, обнесенные острожной стеной с башнями. Одна из деревяных башен монастырского «города» была перевезена в 1930-х гг. в Коломенский музей под Москвой.

С 1620 г.действовала монастырская тюрьма, в которой находились политические и религиозные преступники, например— член царского кружка ревнителей «древлего» благочестия Иван Неронов; с 1653 г. по указу Патриарха Никона в монастырских казематах были заточены соловецкий монарх Герасим Фирсов и «безместный старец» Иона, будущие идеологи Соловецкого восстания 1668-1676 гг.; в конце 1670-х гг. здесь содержались двенадцать «мятежников» с Соловков

В течение XVIII в. значение монастыря постепенно падало, к 1917 г.обитель совершенно оскудела. После ликвидации монастыря здесь были организованы детские колонии (1921 г.). Монастырские постройки стали с 1936 г. местом проживания строителей крупнейшего в СССР кораблестроительного предприятия, рядом с которым вырос город Северодвинск.