Родился 22 июля 1966 года в доме отдыха «Поленово» (Заокский район Тульской области), где его отец, которому в то время было 62 года, работал главным врачом. Матери Ивана тогда было 19 лет, и она была студенткой; позднее — инженер-экономист. Некоторое время семья жила под Малоярославцем, затем переехала в Москву.

После окончания школы поступил во ВГИК на режиссёрский факультет. Учился на одном курсе со многими будущими деятелями российского кинематографа: Тиграном Кеосаяном, Бахтияром Худойназаровым, Фёдором Бондарчуком, Александром Башировым, Рашидом Нугмановым и другими. На параллельном курсе (на сценарном факультете) в то же время учились Рената Литвинова, Роман Качанов и другие. Впоследствии со многими из них Иван продолжил начатые ещё в институте дружбу и сотрудничество.

Не доучившись, был призван в армию. После службы в ракетных войсках в Ростове-на-Дону восстановился в институте. Там он полностью погрузился в общественную работу и был избран секретарём Союза кинематографистов СССР. В 1992 году закончил режиссёрский факультет ВГИКа (мастерская Игоря Таланкина).

Началом карьеры Охлобыстина стала вышедшая на экраны в 1991 году картина «Нога» режиссёра Никиты Тягунова — он получил приз за лучшую роль на фестивале «Молодость-1991» (снимался из-за суеверных мотивов под псевдонимом Иван Чужой). Первый же написанный Иваном Охлобыстиным сценарий — к фильму «Урод» режиссёра Романа Качанова — номинировался на престижную премию «Зелёное яблоко, золотой листок». Первая полнометражная режиссёрская работа Охлобыстина — «Арбитр» с саундтреком групп «Пикник» и «Оберманекен» — получила награду «Кинотавр» в категории «Фильмы для избранных». В 1997 году Охлобыстин в эпизодической роли бандита снялся в фильме «Мама, не горюй».

Одновременно с этим Охлобыстин принимал участие в театральных постановках. 16 февраля 1996 года во МХАТе состоялась премьера спектакля по его пьесе «Злодейка, или Крик дельфина» в постановке Михаила Ефремова. В том же МХАТе был поставлен и второй спектакль Охлобыстина — «Максимилиан-столпник», в 1999 году Качанов экранизировал эту пьесу о новоявленном прорицателе и выпустил под названием «Максимилиан». В конце 1990-х делал репортажи для журнала «Столица», но вскоре покинул издание, поскольку, по его словам, оно превратилось в «бордель», после этого работал в штате еженедельника «Вести».

Работа в кино продолжилась в 2000 году культовым фильмом «ДМБ», сценарий к которому Охлобыстин написал в соавторстве с режиссёром фильма Качановым; в сюжете фильма в определённой степени воплотились собственные воспоминания Охлобыстина о службе в армии. В 2001 году по его сценарию тем же режиссёром была снята ещё одна комедия — «Даун Хаус».

Кроме того, он выступил автором сценария в философской драме «Мусорщик» режиссёра Георгия Шенгелия.

О приверженности Охлобыстина к православию общественности стало известно ещё в 1997 году, когда он начал вести религиозную телепередачу «Канон». В начале 2001 года, после выхода «Даун Хауса» с его участием, выяснилось, что Охлобыстин рукоположен в священники архиепископом Ташкентским и Среднеазиатским Владимиром (Икимом) в Ташкентской епархии. Жена не смогла перенести ташкентскую жару, и после семи месяцев служения в конце года семья возвратилась обратно в Москву, где прошла презентация короткометражного фильма о князе Данииле. Тогда же президент Владимир Путин подарил Ивану именные золотые часы «За заслуги перед Отечеством», хотя тот так и не понял, за что именно — то ли за серию телефильмов «Жития святых», то ли за репортажи из воюющей Сербии, сделанные для программы «Канон».

Иван на время оставил свою профессию и работал только в роли сценариста. В 2005 году опубликована его книга «XIV принцип», написанная в жанре фантастики.

До 2005 года отец Иоанн служил в храме святителя Николая в Заяицком, расположенном на Раушской набережной Москвы-реки. После — в храме Софии Премудрости Божией на Софийской набережной. Вёл передачу «Стая» на радиостанции «Русская служба новостей», а также колонку в мультимедийном сообществе «Сноб».

Позже Иван Охлобыстин снова активно занялся кинематографической деятельностью. В фильме «Заговор» режиссёра Станислава Либина исполнил роль Григория Распутина. В 2008 году по его сценарию известный рок-музыкант Гарик Сукачёв снял ностальгический драматичный фильм «Дом Солнца». В 2009 году вышли сразу несколько фильмов с его участием: наиболее известны боевик «Пуля-дура» и историческая драма «Царь», где он сыграл царского шута Вассиана. С 2010 года по настоящее время снимается в комедийном телесериале «Интерны», исполняя в нём главную роль. Сам Охлобыстин объяснил своё возвращение в кино тем, что в семье не хватает денег.

26 ноября 2009 года в новостных лентах появилось сообщение о том, что Охлобыстин попросил Патриарха Московского и всея Руси Кирилла освободить его от служения из-за «внутренних противоречий». 8 февраля 2010 года Патриарх исполнил просьбу, отстранив его от священнослужения, запретил ношение священнических одежд и иерейского креста. Патриарх отметил, что если священник Иоанн Охлобыстин сделает «окончательный и однозначный выбор в пользу пастырского служения», то его временное запрещение в служении может быть снято. 29 ноября в интервью газете «Московский комсомолец» Охлобыстин заявил, что в течение ближайших двух лет намерен вновь вернуться к служению в церкви.

С декабря 2010 года ведёт на «Фейсбуке» блог от имени своего персонажа доктора Быкова из телесериала «Интерны», где перемежает факты собственной биографии с событиями жизни вымышленного героя. До начала января 2014 года состоял на должности креативного директора компании «Евросеть».

С 15 января 2014 года по настоящее время — креативный директор производителя и поставщика одежды Baon.