Особенности климата Канина объясняются его положением на окраине материка, граничащего с акваторией Северного Ледовитого океана. По Б.П. Алисову (1956), район п-ва Канин относится к атлантико-арктической тундровой (субарктической) климатической области, в формировании климата которой сказывается воздействие масс атлантического и арктического воздуха. Воздействие атлантического воздушного течения выражается относительно высокой температурой воздуха зимой и повышенной влажностью в течении года. Влияние арктических воздушных масс проявляется в основном летом, когда температура может резко понижаться. Климат полуострова Канин характеризуется непродолжительным вегетационным периодом и зимой длящейся 7-8 месяцев. Канин расположен в зоне отрицательных среднегодовых температур воздуха, которые изменяются от -0,8 до -2,2 С. Среднегодовое количество осадков колеблется от 279 )Канин Нос) до 300 мм на юге полуострова. Динамика воздушных масс обуславливает преобладание пасмурной погоды. Среднемесячная скорость ветров в январе вблизи побережья достигает 7-9 м/с, а южнее полярного круга 4-6 м/с. Среднемесячная температура холодного месяца – февраля колеблется от-9,6) градусов С (Канин Нос- абсолютный минимум в январе -35) до -14,5 градусов С (Вижас абсолютный минимум в январе -50). В первом случае (Канин Нос) сказывается влияние Канинско-Колгуевской ветви теплого течения Гольфстрим, согревающего западную оконечность Канина больше, чем восточную. На юге полуострова зимой климат более континентален. Для района Неси среднемесячная температура января равна -13,6 (абсолютный минимум в январе -48) градусов С. Лето короткое , длится два месяца, абсолютный максимум в июле +31 (Канин Нос), +33 (Вижас).
Почвы на юге полуострова в полосе долинных лесов типичные дерново-подзолистые, суглинистые, а в полосе редколесий и островков леса – заторфованные глеево-подзолистые, переходящие не севере Канина в тундровые, которые также в значительной степени заторфованы и заболочены. Подзолистые почвы Южного Канина развиты на песчаных и супесчаных образованиях, глеево-подзолистые – на суглинках и глинисто-супесчаных отложениях. Подзолистые почвы сохранились с эпохи климатического оптимума, когда леса находились севернее современной границы их распространения. Относительная выровненность рельефа и низкая испаряемость, характеры для средней и южной частей Канина, препятствуют быстрому стоку атмосферных осадков, что способствует заболачиванию этих почв этих территорий. В зоне лесотундры и кустарниковой тундры, где глеево-подзолистые почвы постепенно сменяются тундрово-болотными и тундровыми, происходит наибольшее заболачивание. Субстратом этих почв являются суглинистые отложения. На тундровых глеево-подзолистых почвах развиваются осоковые, ерниковые, ивняковые тундры, широко представленные на территориях среднего и северного Канина. Канин находится в зоне развития островной вечной мерзлоты. На юге полуострова площадь многолетнемерзлотных почв составляет от1 до 5% и постепенно увеличивается до 50% на севере полуострова. Мерзлые почвы встречаются в основном на площадях, занятых торфяниками. Влияние торфа на температурный режим подстилающих его пород выраженно особенно резко в средней и северной частях Канина, где на таких почвах развиваются бугристые тундры. Среднегодовая температура почвы колеблется от -1 до -2 градусов С.
Отдельные районы Канина в силу разнообразия природных условий отличаются друг от друга по растительности. Ещё Р.Р.Поле (1902) указывал на различие растительности южной (низменной) и северной (гористой) частей Канина. На основании этого он делит полуостров на две части: южный и северный Канин, границу между которыми проводят по линии Чижа-Чеша. Позднее С.Г. Григорьев выделил из северной части Канина среднюю и собственно северную, тем самым наметив разделение территории полуострова по преобладающим типам растительных формаций на три части: южный Канин (до устья Чижи), средний Канин (от долины рек Чижа-Чеша до устья Шойны и Губистой) и, наконец, северный Канин (вся возвышенная часть полуострова). По облику растительного покрова и особенностям его сложения можно выделить следующие растительные группировки: тундровая, петрофитная, растительность песчаных дюн, болотная, водная, кустарниковая, луговая, лесная, культурная и сорная растительность. Анализ распространения этих растительных группировок позволит выявить их зональное положение на полуострове. В растительном покрове южного Канина на плакорных участках доминируют заболоченные тундры, встречаются островные елово-березовые леса и лиственничные редколесья, а в устьях рек на приморской низменности развиваются заболоченные луга – лайды. Заболоченные островные леса наблюдаются не только на южном Канине, но и по всему беломорскому побережью. На среднем Канине преобладают крупнобугристые болота, ерниковые и ивняковые тундры, а по берегу моря и в устьях рек – песчаные дюны и заболоченные лайды. Для этой части Канина следует отметить своеобразие экологических условий прибрежной полосы, сказывающееся в специфическом составе растительности песчаных дюн и лайд. На северном Канине, где расположена наиболее возвышенная часть территории полуострова, растительный покров существенно отличается от такового двух вышерассмотренных частей. Растительность этой территории характеризуется доминированием формации кустарничково-лишайниковых тундр, расположенных по скалистым и щебенистым участкам плато хребта Паэ. Здесь же расположены также кустарничково-моховые тундры. Нередко на склонах и понижениях, обрамляющих хребет, встречаются мелкоерниковые, осоково-пушицевые и осоково-моховые тундры. По долинам рек расположены ивняки, а в устьях рек – приморские луга. На территории полуострова встречается большое количество цветковых растений, несколько сот видов мхов и лишайников. В прибрежных водах из макрофитов , которые представлены водорослями, преобладают бурые водоросли, в реках и проточных озерах – осока, хвощи и арктофила. В речном фитопланктоне доминируют диатомовые и сине-зеленые, а в озерах – зеленые и диамантовые водоросли. Во флоре широко распространены виды северных групп, достаточно широко – таежные (бореальные) виды. Среди цветковых преобладают злаковые, крестоцветные, осоковые, ивовые. Флора богата разнообразными пищевыми растениями: ягодами, съедобными травами. Наибольшее значение имеют морошка, голубика, брусника, клюква, черника. В лесотундровой зоне по долинам рек растут смородина красная и черная, жимолость, встречаются малина, земляника, шиповник.(В.Г.Сергиенко "Флора полуострова Канин" Л.:"Наука";1986г.)