Через Белое море мимо монастыря часто проплывали иностранные корабли, и рост его богатства не был тайной для соседних государств, в том числе и для враждебно настроенной Швеции. В 1571 г., в разгар Ливонской войны появилась неприятельская флотилия. Для защиты монастыря из Москвы на острова был прислан воевода Михаил Озеров со стрельцами и артиллерией. В следующем году вокруг монастырских построек была сооружена деревянная стена. Соловки с этих пор приобрели новое значение – важного укрепленного пункта в системе обороны северных рубежей Российского государства.
При царе Федоре Иоанновиче в 1584 г. было начато сооружение вокруг Соловецкого монастыря мощных крепостных стен с восемью башнями из камня. Строительство укреплений закончилось к концу XVI в. Соловецкий Кремль сразу занял важное место в ряду крупнейших крепостей Русской земли.