Настоятель монастыря - архимандрит Трифон (Плотников) . Он много времени и сил отдает для восстановления обители. В настоящее время образовалась и окрепла братия, налажено ежедневное совершение богослужений. Братия возрождает традиции северного церковного пения, собирает монастырские реликвии, занимается изучением истории монастыря.

Возрождается иконописное дело. Так икона св.Иоанна Кронштадтского была написана в Антониево-Сийском монастыре иконописцем Игорем Лаиным к V Иоанновским Чтниям в Архангельске, проходившим 4-6 ноября 2002 г.

Пользуется известностью монастырская библиотека. Недавно в Финляндии был отпечатан уникальный альбом настоятеля Свято-Троицкого Антониево-Сийского монастыря архимандрита Трифона (Плотникова). Название альбома, «Слава Богу за все» , представляет собой цитату из Святителя Иоанна Златоуста.

Первый раздел (« Врата небесные ») рассказывает об истории обители с момента ее основания и до наших дней. История Сийской обители раскрывается в альбоме в очерках о каждом из ее настоятелей. Очерки написаны отцом Трифоном в такой манере, что возникает чувство живого разговора, благодатного диалога автора и читателя. В книге собраны и обобщены интересные сведения и факты о жизни монастыря, в частности о строительстве преподобным Антонием вместе с братией храмов во имя Пресвятой Живоначальной Троицы, Благовещения Пресвятой Богородицы и преподобного Сергия Радонежского.

Троицкий собор, Благовещенский и Сергиевский храмы и сегодня составляют основу архитектурного ансамбля монастыря. В него входит также храм-колокольня во имя святителей московских Петра, Алексея и Ионы. Благодаря подвижническим трудам прподобного Антония монастырь стал важным духовным и административным центром Русского Севера. Оказывали помощь монастырю великие князья московские Василий Иванович и Иван Васильевич (Грозный).

Преподобный Антоний, сийский чудотворец отошел ко Господу 7 декабря 1556 года. Его мощи, погребенные в Троицком соборе, открыты для поклонения. Известны случаи, когда уже в наши дни молящиеся у мощей святого получали по вере своей исцеление и утешение. Основатель обители был канонизирован во время настоятельства «одного из самых деятельных его последователей игумена Питирима».

Cтроительство Свято-Успенского храма (будущего подворья Антониево-Сийского монастыря) в г. Архангельске приближается к концу. Об этом сообщил настоятель Антониево-Сийского монастыря, руководитель епархиального отдела образования архимандрит Трифон (Плотников).

Ныне монастырь снова имеет сенокосы, пашни, животноводческую ферму, конюшню, теплицы, пекарню, механическую и сталярную мастерские.

25 февраля 2008 года настоятель Свято-Троицкого Антониево-Сийского монастыря архимандрит Трифон на встрече с журналистами рассказал об изменениях в жизни обители, передает корреспондент информационного агенства "REGNUM". Одним из таких изменений станет частичное закрытие территорий. Посетители и паломники смогут теперь пройтись только по монастырской площади и некоторым близлежащим участкам. Сделано это для того,чтобы уменьшить влияние паломничества на привычный уклад жизни монастыря. Как сказал архимандрит, главное в монастыре - это тихая молитва его обитателей за весь мир, за всех - о спасении людей. Кроме того, братия намерена построить недалеко от монастыря, в глуши,с кит для еще более строгой жизни монахов.

Информационное агентство "Двина-информ" цитирует слова архимандрита Трифона: " Мы сейчас вынуждены территорию монастыря сделать доступной только на одну треть,где находится Соборная площадь и входы в храм, остальное будет закрыто. И планируем мы строительство скита. Так во многих монастырях было: есть территория, куда приезжают паломники свободно, дальше территория собственно монастыря, и третья территория вообще закрыта. Скажем, Иверско-Валдайский монастырь - там есть схимническая территория, где схимники жили, и доступ туда был ограничен. Оптина пустынь: рядом с ней скит в трехстах-пятистах метрах, с более жестким уставом. Это оправдано, потому что, собственно говоря, назначение монастыря и призвание монашеское обязывает и требует соответствующей укладности и настроя".